Под военным контуром ЕСИМО понимается подсистема, обеспечивающая на основе использования современных информационных технологий непосредственное информационное взаимодействие существующих систем гидрометеорологического и навигационно-гидрографического обеспечения Минобороны России с Единой системой информации об обстановке в Мировом океане, в интересах повышения эффективности обеспечения обороны страны данными и информацией о состоянии природной среды океана.

Военный контур ЕСИМО представляет собой совокупность информационных ресурсов, технологий, аппаратно-программных и технических средств обработки и связи выделенных центров Минобороны РФ, организованных по единым с ЕСИМО нормативным и технологическим стандартам для обеспечения непосредственного получения данных, необходимых для решения задач Министерства обороны, контроля прохождения информации и передачи информации в ЕСИМО различным категориям пользователей ЕСИМО в соответствии с полномочиями доступа.

Основной целью создания военного контура ЕСИМО является повышение эффективности информационного обеспечения (по полноте, качеству, оперативности) Минобороны и ФПС России, а так же других пользователей ЕСИМО информацией о состоянии природной среды Мирового океана путем доступа выделенных центров Минобороны России ко всей информации о природной среде Мирового океана, циркулирующей в ЕСИМО и информационного сопряжения выделенных центров с информационными системами ВМФ различного назначения.

Военный контур ЕСИМО является функциональным образованием, его структурные элементы являются самостоятельными субъектами и вступают во взаимодействие между собой и с другими субъектами ЕСИМО на функциональной основе, не предусматривающей административного подчинения, изменения их организационной структуры, ведомственной принадлежности и их статуса. Управление военным контуром ЕСИМО осуществляется Министерством Обороны РФ в лице Главного Управления навигации и океанографии МО РФ.

Военный контур ЕСИМО базируется на выделенных из состава ВМФ центрах сбора, обработки, хранения и распространения информации о состоянии океана, оснащаемых при создании и развитии ЕСИМО необходимыми средствами информационного сопряжения с Единой системой информации об обстановке в Мировом океане. К таким центрам относятся:

- 373 Центр ВМФ – центр Автоматизированной системы ГМО ВМФ, осуществляет обеспечение  подразделений ВМФ и Минобороны России  оперативной гидрометеорологической информацией;

- Научно-исследовательский (океанографический) центр Государственного научно-исследовательского навигационно-гидрографического института МО РФ (НИЦ ГосНИНГИ МО) – осуществляет сбор, обработку и хранение результатов океанографических наблюдений ВМФ и других ведомств , оосуществляет обеспечение Минобороны России, а так же всех заинтересованных организаций океанографической, метеорологической,   геофизической и иной информацией в задержанном режиме;

- 280 Центральное картографическое производство ВМФ (280 ЦКП ВМФ) -  центр сбора гидрографических и геофизических данных, осуществляет обеспечение   Минобороны России, а так же всех заинтересованных организаций и частных лиц морскими картами и пособиями, другой навигационно-гидрографической информацией в задержанном режиме.

- НИЦ "Гидроакустика" - центр сбора гидроакустических данных - осуществляет обеспечение Минобороны России гидроакустической информацией в задержанном режиме.